马德里注册的优点
１、手续更简便
目前加入《马德里协定》及其《议定书》的国家已经达84多个，其中包含了除加拿大以外的所有西方工业大国。国际商标申请人可仅需直接向所属国商标主管部们提出申请，不必再委托其他国外的商标代理人或组织办理；申请人仅需用一种文字（法文，英文或者西班牙文）提交一份简单的申请书，即可同时指定一个或多个国家甚至所有这些国家，在一个或多个商品/服务类别上申请商标国际注册，申请方式大大方便。在规费的支付上，申请人可以一次性以人民币向原属局的主管机关或以瑞士法郎向国际局直接支付。
而相对于以向这些国家逐一申请注册的情况，可以免去了分别需向不同国家商标主管机关使用不同语言、提交不同规定要求的申请书、支付不同种类外币等等的繁琐程序。因此可以说，马德里体系的商标申请手续非常简便。
２、申请费用较低
商标马德里国际注册的费用包括三部分，一是基础注册费，二是指定国家的费用，三是本国商标主管机关的费用。
国际商标注册申请人可以在一份申请中指定一个或者多个成员国要求对其申请商标进行保护，无论指定一个成员国还是指定全部成员国，商标国际注册申请人均只需缴纳一份基础注册费，因此，指定的国家越多越合算。
缴纳的申请费以瑞士法郎计算的统一规费，或根据“议定书”再缴纳单独规费，而无须逐一向每一个指定保护的国家分别交费。另外，根据“协定”及“议定书”，国际注册申请人可不经过代理人，直接向本国的商标主管机关提出注册申请，从而可节省一笔代理费。从数额上看，国际注册费大大低于分别向每个国家申请注册的费用，后者一般包括该国商标注册规费、代理费和翻译费等。商标申请人在马德里所有成员国就一个类别申请商标注册所需的费用是逐一国家申请注册所需费用的1/12～1/11。因此，费用明显低廉。
３、时间快捷
申请人从向商标局提交商标国际注册申请之日起，如果手续齐备并按规定缴纳费用，一般六个月左右即可取得世界知识产权组织（WIPO）国际局颁发的商标国际注册证明。其上载明商标的国际注册号和国际注册日。不过，该国际商标注册证明只是表明国际局收到了国际注册申请，并经审查符合国际局的要求，已经或者即将把该申请提交给各指定国进行审查。该商标能否在各指定国获准注册，还是要以各指定国的审查为准。
根据“协定”和“议定书”的规定，该商标申请自国际局登记此项国际注册之日起十二个月（协定）或十八个月（议定书）内，申请人指定保护国家的商标主管机关有权驳回这一领土延伸申请，也就是说，从国际注册日起，如果被指定国在上述的规定期限内没有向国际局发出驳回通知，该商标将在该指定国自动得到保护。显然，申请人在十二个月或十八个月左右的时间内，就能知道自己的国际注册商标在各有关国家是否得到保护。
对于那些实际审查期限非常长的国家，此种规定大大缩短了申请人为得到该国的商标注册保护而需等待的时间。比如意大利，如果到该国单独提出商标注册申请，正常情况下获得商标注册的时间约为3年－4年，而通过马德里国际注册体系，从申请到取得商标国际注册证书，再到意大利按规定能够花费的审查期限，全部时间加起来最长不超过20个月，比单独申请注册的时间短很多。
４、维护管理便捷
申请人提出商标国际注册申请后，便可获得国际局颁发的国际注册证，获得对应的国际注册号。通过该国际注册号，即可在世界知识产权组织网站上对自己所申请注册的商标指定各个缔约方的审查情况进行查询。申请人也可通过该国际注册号直接向国际局办理商标的后续事宜，比如变更、转让、续展、注销等。因此，通过马德里体系申请商标国际注册使得申请人对自身的商标维护管理更为便捷。
马德里注册的缺点
１、国际注册的国家数量有限
因为《马德里协定》最先是由实施商标注册原则的国家提出的，所以，以取得所属国国内注册作为申请国际注册的先决条件，限制了一部分实施商标使用原则的国家的积极性；
截至目前，马德里联盟成员国目前只有80多个国家，还有一些同我国贸易联系密切的一些重要国家，目前还不是成员国，北美、南美、中东、非洲、东南亚等地区的大部分国家还徘徊在该体系之外，其中包括加拿大、巴西、阿根廷、马来西亚、泰国、印度尼西亚等一些我国重要的贸易伙伴。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册，不得不同时选择逐一国家途径来申请商标。
２、要求以国内申请/注册为基础
国际注册必须以国内商标申请/注册为基础。在《马德里协定》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告；在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国家注册申请，因此，在申请的时间上有一定的限制。
３国际注册商标的事先查询方式的有局限
马德里商标国际注册体系中只能查询通过该体系办理注册的国际商标信息，而对马德里体系中各个成员国的商标信息不具有统一检索查询能力。因此，对于准备办理国标注册的商标，如果需要事先了解该商标的在所指定国家和地区的注册可行性信息只能通过该国的商标代理机构或律师机构和该国家的具体商标情况逐一进行检索查询和分析判断。而且与逐一国家注册时的情况一样，需要额外支付高额的检索查询费用，查询结果取决于实施查询的代理机构和代理人。
4、申请注册过程中出现的事宜处理与逐一国家注册时是一样的
国际商标局对申请人提交的马德里及国际注册申请仅仅是负责向被指定国家主管商标机关传递相关申请文件，而由各个被指定国家的商标主管机关根据自己国家的法律规定对申请商标进行审查。如果某一国家的商标主管机关在审查中认为该商标申请不符合被指定国家的法律规定而要求修改，或出现（部分、全部）驳回，或被他人提出异议等情况而需要办理答辩、复审等事宜时，国际商标局只负责传送相关通知书，而不负责转交申请人需要向缔约方提交的复审或答辩书件等法律文件，此时只能由申请人委托该缔约方国家认可的代理机构递交。就需要该商标申请人另行通过相关代理机构委托该指定国家的代理人（律师）办理相关法律程序，并另行支付相应的答辩、复审等规费和（律师费）代理费。对于这些商标事宜的处理与逐一国家注册时是一样的，马德里国际注册并无优势可言。
5、没有统一的注册证
马德里国际注册虽然在提出国际注册申请后可以很快捷的收到一份国际商标局颁发的国际注册证和国际注册号，但该商标国际注册证非常简单，而且只是该商标的国际注册申请的凭证，其效力仅相当于国内的受理通知书，并不是该商标在指定国家能受到保护的有效法律文件。就目前来说仅有少数缔约方国家可以在核准国际注册申请后会颁发该指定国家的商标注册证书（如：美国、日本等国），而大多数缔约方国家的商标主管机关在审查之后一般不颁发注册证或核准通知书，仅仅发布一个声明在该国受保护的通知，有些国家甚至连保护声明文件都没有，仅是指自动受保护。只有在商标被全部或部分驳回的情况下，才向申请人发出驳回通知书。因此，申请人只有通过计算驳回期限的方式来推断自己的商标是否被相关缔约方的主管机关核准。
对于习惯了拥有一张经商标主管机关盖章的注册证的国内申请人来说，没有注册证会令他们感觉有些不踏实，大多数国家的申请人也有同样的想法。如果确实需要证明该商标在所指定国家受到保护还需要另行向该国商标主管机关开具商标注册证明文件，并另行缴纳相关费用。
6、注册效力的不稳定性
由于国际注册要求以国内申请/注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况又被称之为"中心打击原则"。
